11月10日，根据北京时间，李根从其他队伍转到了新疆篮球俱乐部，在赛季的开场比赛中，他在北京队的主场遭到了球迷们的强烈批评，比赛结束后，他在走廊上取回了上个赛季获得的冠军奖牌，这些情况引起了广泛的讨论。最近，李根参与了一次记者的个别访谈，讨论了他第一次面对以前所在球队北京队时的感受，他指出他和这支队伍一起经历了许多事情，因此感到非常不自在。
2015至2016赛季CBA联赛开幕比赛里，李根又穿上了1号球衣来到五棵松体育馆，不过这次他代表的是客队新疆队。现场观众不再像以前那样亲切地喊他“根儿”，在他作为替补登场时，整个场馆响起了不断的嘘声。那场比赛中李根替补登场共36分钟，出手11次命中4球，拿下13分送出2次助攻。从另一个出口离开后，他心情十分复杂，既想努力拼搏，却感觉使不上劲。我们一起经历太多，实在下不去手，做不到杀红眼。”李根说道。
赛事启动前，北京篮球队主场举办仪式，授予上届总冠军的荣誉指环。不过，作为夺冠成员的李根，未被邀参与授环，仅在比赛结束后通道交到他手中。对此，李根表现得十分随和，回应道：“其实没所谓，有就心满意足了。”接过指环后，李根直接前往常去的北京队更衣场所，“本该向闵教练表达谢意，但抵达门口时，我还在犹豫是否要进入。”李根说道，最后他还是走了进去，与闵鹿蕾指导握手。
毕竟承受了诸多考验，老马遭遇伤病后再度复出，接着我们再次赢得冠军，这些过程十分宝贵。决定加入新疆队，关键因素是李秋平教练，我期待在个人技术更加纯熟时，能更好地为李秋平教练效力。
休赛阶段，李根转会去向引发诸多猜测。部分报道指出他前往新疆队是看重物质条件，该俱乐部承诺提供国内顶尖水准的丰厚报酬，具体金额约为一千万元。对此，李根回应称听到这个消息时感到十分意外球迷网，不清楚这笔资金的来源，更无法确认出资方是谁。
李根凭借丰富的比赛经验，状态保持稳定，未受外界干扰，在亚锦赛中发挥出色，助力中国男篮夺得亚洲篮球冠军。他表达了对参加2016年里约奥运会的渴望，并称自己希望次年继续入选国家队，前往里约奋力拼搏。
